Основными целями деятельности учреждения является оказание услуг в области организации и проведения мероприятий по профилактике чумы и других опасных инфекционных болезней, санитарной охраны территории Республики Крым и г Севастополя. Станция осуществляет свою деятельность на основании устава, утвержденного приказом Роспотребнадзора от 25.04.2014 № 309 «Об утверждении устава Федерального государственного казенного учреждения здравоохранения «Противочумная станция Республики Крым» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека».